News

COVID-19 HGI רעזולטאַטן פֿאַר Data Freeze 5 (יאנואר 2021)

2 מערץ 2021

געשריבן דורך Minttu Martilla , Annika Faucon , Nirmal Vadgama , Shea Andrews, Brooke Wolford און Kumar Veerapen אין ביכאַף פון COVID-19 HGI

דוקטורטמת מתרגם צו עברית אויף דורך גיפרי רוזנפלד

באַמערקונג: די COVID-19 Host Genetics Initiative (HGI)

רעפּראַזענץ אַ קאָנסאָרטיום פון איבער 2000 סייאַנטיס פֿון איבער 54 לענדער ארבעטן קאַלאַבערייטיוו צו טיילן דאַטן, יידיאַז, רעקרוט פּאַטיענץ און פאַרשפּרייטן אונדזער פיינדינגז. ביטע לייענען אונדזער ערשטע בלאָג פּאָסטן פֿאַר אָנפאַנגער פֿאַר אונדזער לערנען פּלאַן . אונדזער פאָרשונג איז יטעראַטיוו און מיר סאַמערייז אונדזער נייַע רעזולטאַטן דורך בלאָג אַרטיקלען און אויף די רעזולטאַטן אָפּטיילונג פון אונדזער וועבזייטל. לעסאָף, אויב קיין וואָקאַבולאַרי דאָ איז אַנפאַמיליער, ביטע שיקן אונדז אַ E- בריוו אויף hgi-faq@icda.bio - מיר וואָלט זיין צופרידן צו דערהייַנטיקן די אינפֿאָרמאַציע דאָ צו צושטעלן מער קלעריטי. אין די קומענדיק וואָכן, נאָך אינפֿאָרמאַציע וואָס דערקלערט קאַנסעפּס אָדער טערמינאָלאָגיע וועט זיין בארעכטיגט. אין די ינטערים, נעמען אַ קוק אין דעם מיטל צו אָפּשאַצן די באַסיקס פון דזשאַנעטיקס.

וויסנשאפטלעכע אַרטיקל פון דעם מעלדונג איז איצט אויף medRXiv

לעצטע דאַטן פאַרפרוירן (מעלדונג 5) ינקריסיז די מוסטער גרייס און געזונט פון גענעטיק פיינדינגז

די COVID-19 HGI האט יטעראַטיוולי געוויזן געזונט גענעטיק סיגנאַלז אין אונדזער פריערדיקע ריליסיז און רעפּראַזענץ די גרעסטע גענאָמע-ברייט פאַרבאַנד לערנען (GWAS) אין געשיכטע: ביידע אין טערמינען פון לערנען פּאַרטיסאַפּאַנץ (> 2 מיליאָן מענטשן) און די נומער פון קאָללאַבאָראַטאָרס (> 2,000 סייאַנטיס. ). דאָ, מיר דיסקרייבז די רעזולטאַטן פון אונדזער לעצט דאַטע פרירן מעלדונג 5. אין אונדזער פריערדיקן דאַטן פרירן (מעלדונג 4), מיר געמאלדן די לעגיטימאַציע פון ​​מענטשלעך גענעטיק וועריאַנץ פֿאַרבונדן מיט שטרענג COVID-19 (זען אונדזער בלאָג אַרטיקלען פֿאַר ניט-סייאַנטיס אויף דאַטן מעלדונג 3. און מעלדונג 4 ). מיר האָבן יידענאַפייד די וועריאַנץ דורך אַ GWAS אין איבער 30,000 COVID-19 פּאַטיענץ (י.ע. קאַסעס) און 1.47 מיליאָן ניט-COVID-19 פּאַטיענץ (ד"ה קאָנטראָלס). אין דאַטן פאַרפרוירן 5, מיר האָבן געוואקסן די מוסטער גרייס צו כּמעט 50,000 COVID-19 קאַסעס און איבער 2,000,000 קאָנטראָלס דורך קאַמביינינג דאַטן פון 47 שטודיום אין 19 לענדער (פיגורע 1). דורך ינקריסינג די מוסטער גרייס, מיר אויך פֿאַרבעסערן די צוטרוי פון אונדזער פיינדינגז. אין דעם דאַטן פרירן, מיר אויך געפרוווט צו פֿאַרבעסערן די דייווערסיטי פון פּאַפּיאַליישאַנז. לערנען דזשאַנעטיקס איבער פּאַפּיאַליישאַנז פון פאַרשידן גענעטיק אַנסעסטריז העלפּס אונדז בעסער צו פֿאַרשטיין גענעטיק וועריאַנץ וואָס ווירקן COVID-19 שטרענגקייַט און זייער פּראַל אַרום די וועלט. פֿון די 47 קאַנטריביוטינג שטודיום, 19 אַרייַנגערעכנט ניט-אייראפעישער פּאַפּיאַליישאַנז.

פיגורע 1: רשימה פון COVID-19 הגי מיטארבעטערס פֿאַר מעלדונג פון דאַטן 5 פון די 47 קאַנטריביוטינג שטודיום, 19 אַרייַנגערעכנט ניט-אייראפעישער פּאַפּיאַליישאַנז. אַדאַפּטעד פֿון Andrea Ganna ס פּרעזענטירונג אויף 25 יאנואר 2021.

לערנען סטרוקטור

ווי אין פריערדיקע דאַטן פריזיז, מיר פאָרזעצן צו ונטערזוכן דרייַ רעזולטאטן (פיגורע 2): א) זייַענדיק קריטיש קראַנק מיט COVID-19 (ענדיקן אויף רעספּעראַטאָרי שטיצן אָדער שטאַרבן פֿון COVID-19), B) זייַנען כאַספּיטאַלייזד פֿאַר COVID-19 און C זייַענדיק ינפעקטאַד מיט סאַרס-קאָוו -2. די אַנאַליזעס צילן צו כאַפּן גענעטיק פֿעיִקייטן וואָס זענען סאַסעפּטאַבילאַטי און שטרענגקייַט צו SARS-CoV-2 און COVID-19. די לעצטע אַנאַליסיס (אַנאַליסיס C) אַימעד צו דעטעקט גענעטיק וועריאַנץ קאַנטריביוטינג צו סאַרס-קאָוו -2 ינפעקציע. די אַנאַליסיס ינקלודעד אַלע קאַסעס, ראַגאַרדלאַס פון דעם בייַזייַן אָדער שטרענגקייַט פון די סימפּטאָמס. די רעזולטאטן פון די אַנאַליסיס און זייער זינען און קאָנטראָל זוך און מוסטער סיזעס זענען געוויזן אין פיגורע 2.

פיגורע 2: דעפיניציע פון ​​קאַסעס און קאָנטראָלס פֿאַר יעדער פון די אַנאַליסיס אין דאַטן פרירן 5. באַמערקונג אַז סאַרס-קאָוו -2 איז דער ווירוס וואָס ז די COVID-19 ינפעקציע. אַדאַפּטעד פֿון Andrea Ganna ס פּרעזענטירונג אויף 25 יאנואר 2021.

די געגנטן פון די דזשינאָום וואָס זענען פארבונדן מיט COVID-19 פונט צו ינייט ימיונאַטי און לונג דיספאַנגקשאַן

אויף קאַלעקטינג די גענעטיק דאַטן געשאפן דורך אונדזער מיטארבעטערס, מיר דורכגעקאָכט GWAS לויט די זוך אין פיגורע 2. ביז אַהער, אין דאַטן פרירן 4 , מיר כיילייטיד נייַע גענעטיק סיגנאַלז אין סאַסעפּטאַבילאַטי און שטרענגקייַט פון COVID-19 אין 7 טשראָמאָסאָם מקומות. די מקומות זייַנען צו אַ עטיאָלאָגי אין ינייט ימיונאַטי און לונג דיספאַנגקשאַן: אין שורה מיט די לידינג קליניש פארשטאנד פון COVID-19 ינפעקשאַנז. אין דאַטן פאַרפרוירן 5, מיר יידענאַפייד 15 גענאָמע-ברייט באַטייטיק מקומות אַריבער אַלע טשראָמאָסאָומז: 1 טשראָמאָסאָם געגנט האט דזשינאָום ברייט באַטייט בלויז אין די קריטיש קראַנק אַנאַליסיס ( אַנאַליסיס א ); 11 כראָמאָסאָם געגנטן האָבן אַ העכער ווירקונג אין די שטרענגקייַט אַנאַליסיס ווי אין געמאלדן ינפעקציע אַנאַליסיס ( אַנאַליסיס ב ); און 4 פון די טשראָמאָסאָם מקומות זענען ספּעציפיש פֿאַר סאַרס-קאָוו -2 געמאלדן ינפעקציע ( אַנאַליסיס C ). אין פיגורע 3, מיר פאָרשטעלן אַ גראַפיקאַל פאַרטרעטונג פון די רעזולטאַטן ווי אַ מיאַמי פּלאַנעווען (אַ פּאַנעלייזד ווערסיע פון ​​אַ מאַנהאַטטאַן פּלאַנעווען . געהייסן נאָך מיאַמי ווי די מיאַמי הימל ליניע איז שפיגלט אויף די וואַסער).

פיגורע 3. מיאַמי פּלאַנעווען פון גענאָמע-ברייט פאַרבאַנד רעזולטאַטן פֿאַר COVID-19. די שפּיץ טאַפליע ווייזט רעזולטאַטן פון די גענאָם-ברייט פאַרבאַנד לערנען פון כאַספּיטאַלייזד COVID-19 און קאָנטראָלס ( אַנאַליסיס A ), און די דנאָ טאַפליע די רעזולטאַטן פון סאַרס-קאָוו -2 ינפעקציע און קאָנטראָלס געמאלדן ( אַנאַליסיס C ).

די ראָלע פון ​​דייווערס סאַמפּאַלז

מיר פֿאַרשטיין אַז מיט פילע גענעטיק שטודיום, דייווערסיטי אין מוסטער זאַמלונג איז אַ הויפּט דייַגע (ילאַבערייטאַד דאָ ). ווי אַזאַ, מיר אַימעד צו פֿאַרבעסערן די דייווערסיטי אין אונדזער מוסטער זאַמלונג ווי אונדזער לערנען געוואקסן (פיגורע 4). אונדזער ימפּרוווד מוסטער זאַמלונג מי האט געפֿירט אונדז צו ידענטיפיצירן נייַ גענעטיק סיבות פֿאַרבונדן מיט COVID-19 (אונדזער פריערדיקע רעזולטאַטן זענען דיסקאַסט אין בלאָג אַרטיקלען אויף מעלדונג 3 און R4 ). מיט די קאַנקאַמיטאַנט לעגיטימאַציע פון ​​גענעטיק ריזיקירן סיבות מיט אונדזער אַנאַליטיקאַל מעטהאָדס, מיר קענען אָבסערווירן גענעטיק וועריאַנץ אין גענעס אָדער נאָענט צו זיי. ביז איצט, רובֿ גענעס וואָס מיר יידענאַפייד האָבן געוויזן צו אַ געוואקסן ריזיקירן פון סעליאַלער מעקאַניזאַמז, ימיון רעגולירן און קאַרדיאַק פונקציאָנירן. די לעגיטימאַציע פון ​​די ריזיקירן סיבות קענען לעסאָף פירן צו טריטמאַנץ צו טאַרגאַטינג די יידענאַפייד גענעס.

פיגורע 4. איבערבליק פון די שטודיום קאַנטריביוטינג צו די COVID-19 באַלעבאָס דזשאַנעטיקס איניציאטיוו

אין דאַטן פאַרפרוירן 5, 19 שטודיום קאַנטריביוטיד מיט ניט-אייראפעישער פּאַפּיאַליישאַנז: 7 אפריקאנער אמעריקאנער, 5 אַדמיקסעד אמעריקאנער, 4 מזרח אַסיאַן, 2 דרום אַסיאַן און 1 אַראַבער. דיאַמאָנדס ווייַזן די עפעקטיוו מוסטער גרייס (מוסטער גרייס וואָס וועט געפֿינען סטאַטיסטיש באַטייטיק ווירקונג אין וויסנשאפטלעכע געשעענישן) באקומען פון פאַרשידענע דזשיאַגראַפיקאַל לאָוקיישאַנז.

מיר געפֿונען 9 נייַ טשראָמאָסאָם מקומות פֿאַרבונדן מיט COVID-19. אין אַנאַליסיס א , פֿאַר קריטיש קראַנקייט, די ינקלודז כראָמאָסאָם געגנטן לעבן צוויי גענעס: לזטפל 1 אויף טשראָמאָסאָם 3 און טאַק 4 אויף טשראָמאָסאָם 17. דער פּראָטעין לזטפל 1 רעגיאַלייץ פּראָטעין טראַפיקינג צו די סיליאַרי (וואָרצל: סיליאַ) מעמבראַנע. סיליאַ זענען האָר-ווי סטראַקטשערז וואָס גרייכן פון די צעל גוף. זיי זענען געפֿונען אין ערווייז, לונגען און פילע אנדערע אָרגאַנס. LZTFL1 אויך פּאַרטיסאַפּייץ אין די ימיון רעספּאָנסעס. די TAC4 פּראָטעין פאַנגקשאַנז צו רעגולירן בלוט דרוק און די ימיון סיסטעם.

פֿאַר אַנאַליסיס ב , אין פּאַטיענץ כאַספּיטאַלייזד מיט COVID-19, מיר געפֿונען אַסאָוסייישאַנז אין וועריאַנץ נאָענט צו 4 גענעס . פירסטלי, מיר יידענאַפייד אַ טשראָמאָסאָם געגנט אויף טהבס 3 אויף טשראָמאָסאָם 1. דעם דזשין קאָודז פֿאַר די פּראָטעין טהבס 3 וואָס איז אויסגעדריקט אין די האַרץ און אַפּרעגיאַלייטיד בעשאַס קאַרדיאַק חולאתן. צווייטנס, מיר ידענטיפיעד אַ טשראָמאָסאָם געגנט אויף סקנ 1 אַ אויף טשראָמאָסאָם 2. ווערייישאַנז אין די סקנ 1 אַ דזשין האָבן שוין געוויזן צו גרונט עפּילעפּסי און סיזשערז. טהירדלי, מיר יידענאַפייד אַ טשראָמאָסאָם געגנט אויף טמעמ 65 אויף טשראָמאָסאָם 8. דעם דזשין קאָודז פֿאַר די טמעמ 65 פּראָטעין וואָס האט אַ ראָלע אין קאַרדיאַק אַנטוויקלונג, רעגולירן פון קאַרדיאַק קאַנדאַקשאַן און פונקציאָנירן. עס קען אויך שפּילן אַ ראָלע אין צעל ענערגיע מאַטאַבאַליזאַם. בפֿרט, די ווערייישאַן וואָס איז יידענאַפייד אין אונדזער אַנאַליסיס פֿאַר TMEM65 האט אָפטקייַט פון 12% אין מזרח אזיע און 1% אין אייראפעישער באַפעלקערונג. אַלעעל פריקוואַנסיז דיסקרייבד די סומע פון ​​ווערייישאַן אין אַ זיכער דזשין אָדער גענאָמיק געגנט. לעסאָף, מיר ידענטיפיעד אַ טשראָמאָסאָם געגנט אויף KANSL1 אויף טשראָמאָסאָם 17. עס איז געווען סאַגדזשעסטיד אַז דער פּראָטעין קאָדעד דורך דעם דזשין, KANSL1, האט אַ ראָלע אין נעוראָנאַל פּראַסעסאַז.

לעסאָף, אין אַנאַליסיס C , פֿאַר געמאלדן סאַרס-קאָוו -2 ינפעקשאַנז, 3 נייַ אַסאָוסייישאַנז זענען געפֿונען אין די געגנטן נאָענט צו גענעס, זבטב 11 אויף טשראָמאָסאָם 3, דנאַה 5 אויף טשראָמאָסאָם 5, און פּפּפּ 1 ר 15 אַ אויף טשראָמאָסאָם 19. ערשטנס, מיר יידענאַפייד אַ געגנט דורך די דזשין זבטב 11 אויף כראָמאָסאָם 3. דעם דזשין קאָודז פֿאַר די פּראָטעין זבטב 11 וואָס איז געוויזן צו רעגולירן די ימיון צעל אַנטוויקלונג. צווייטנס, מיר האָבן יידענאַפייד אַ טשראָמאָסאָמאַל געגנט אין דנאַה 5 אויף טשראָמאָסאָם 5. גענעטיק ווערייישאַנז אין דנאַה 5 זענען געוויזן צו גרונט ערשטיק סיליאַרי דיסקינעסיאַ, דעפעקטיווע באַוועגונג פון סיליאַ, לידינג צו ריקעראַנט קאַסטן ינפעקשאַנז, אויער / נאָז / האַלדז סימפּטאָמס, בראָנטשיטיס און ינפערטיליטי. לעסאָף, מיר יידענאַפייד אַ טשראָמאָסאָם געגנט נאָענט צו פּפּפּ 1 ר 15 אַ אויף טשראָמאָסאָם 19. דעם דזשין קאָודז פֿאַר די פּראָטעין פּפּפּ 1 ר 15 אַ וואָס איז געוויזן צו מעדיאַטירן וווּקס אַרעסט און צעל טויט אין ענטפער צו דנאַ שעדיקן, נעגאַטיוו וווּקס סיגנאַלז און פאַלש פּראָטעין סטרוקטור.

גענעס וואָס ווירקן די ימיון סיסטעם שפּילן אַ וויכטיק ראָלע אין COVID-19 אין אונדזער אַנאַליזעס. די גענעס ינוואַלווד אין לונג און קאַרדיאַק פונקציאָנירן און נעוראָנאַל פּראַסעסאַז זענען אויך טייל פון אונדזער פיינדינגז. קאַרדיאַק חולאתן האָבן שוין געווען געמאלדן ווי אַ סאַסעפּטאַבילאַטי פאַקטאָר צו COVID-19 און נעוראָנאַל סימפּטאָמס געמאלדן ווי טייל פון COVID-19 קרענק.

קאָראַליישאַן טוט נישט מיינען קאַוסאַטיאָן

ריזיקירן סיבות יידענאַפייד אין פאַרבאַנד שטודיום קען נישט פונט צו אַ קאַוסאַל יקער פון COVID-19 סאַסעפּטאַבילאַטי אָדער שטרענגקייַט. ווי אַזאַ, מיר געוויינט אַ מעטאָד גערופֿן מענדעלאַן ראַנדאַמאַזיישאַן (MR) וואָס ניצט גענאָמיק אינפֿאָרמאַציע צו אָנמאַכן קאַוסאַל אַסאָוסייישאַנז. MR איז אַ מעטאָד וואָס ניצט גענעטיק וועריאַנץ וואָס זענען באַוווסט צו ווירקן אַ געגעבן ויסשטעלן ( למשל BMI) צו ונטערזוכן די קאַוסאַל ווירקונג פון אַ ויסשטעלן אויף די רעזולטאטן פון קרענק. פֿאַר אַ נעענטער קוק, מיר דיסקרייבד MR אין אַ פריש בלאָג פּאָסטן (צוגעשטעלט צו די וויסנשאפטלעכע וילעם. איבער די דריי COVID-19 פענאָטיפּן, מיר יידענאַפייד סטאַטיסטיש באַטייטיק קאַוסאַל אַסאָוסייישאַנז צווישן די דרייַ COVID-19 רעזולטאַטן און 6 טרייץ (פֿון 38 אויסגעקליבן טרייץ) מיר געפֿונען אַז דזשאַנעטיקלי פּרעדיקטעד העכער גוף מאַסע אינדעקס (BMI) איז פארבונדן מיט אַ העכער ריזיקירן פון סאַרס-קאָוו -2 ינפעקציע און COVID-19 כאַספּיטאַלאַזיישאַן. דער רעזולטאַט קאָרראָבאָראַטעס פיינדינגז פון אָבסערוואַטיאָנאַל שטודיום, באמערקט אַ געוואקסן ריזיקירן פון שטרענג COVID-19 רעזולטאטן פארבונדן מיט געוואקסן BMI. דערצו, דזשאַנעטיקלי פּרעדיקטעד סמאָוקינג איז פארבונדן מיט אַ געוואקסן ריזיקירן פון COVID-19 כאַספּיטאַלאַזיישאַן.

פיגורע 5: גענעטיק קאָראַליישאַנז און מענדאַליאַן ראַנדאַמאַזיישאַן קאַוסאַל עסטאַמאַץ צווישן 43 טרייץ און COVID-19 שטרענגקייַט און SARS-CoV-2 געמאלדן ינפעקציע. טרייץ זענען ליסטעד אויף X- אַקס און COVID-19 פענאָטיפּעס אויף י-אַקס. בלוי רעפּראַזענץ נעגאַטיוו גענעטיק קאָראַליישאַן און פּראַטעקטיוו מענדאַליאַן ראַנדאַמאַזיישאַן (MR) קאַוסאַל עסטאַמאַץ און רויט רעפּראַזענץ positive גענעטיק קאָראַליישאַן און ריזיקירן MR קאַוסאַל עסטאַמאַץ. גרעסערע סקווערז קאָראַספּאַנד צו מער באַטייטיק קאָראַליישאַן. קאַוסאַל עסטאַמאַץ אַז דורכגיין אַ סטאַטיסטיש באַטייַט שוועל זענען אנגעצייכנט מיט אַסטעריסק.

א גלאבאלע קאַלאַבערייטיוו מי צו פֿאַרשטיין COVID-19 באַלעבאָס דזשאַנעטיקס

אין דעם קראַנט גלאבאלע קריזיס פון די COVID-19 פּאַנדעמיק, די רעזולטאַטן באַווייַזן די מאַכט פון אַ גלאבאלע מי פון 47 פאַרשידענע מיטארבעטערס. אין גאַנץ, מיר יידענאַפייד 15 גענאָמיק מקומות פֿאַרבונדן מיט COVID-19 סאַסעפּטאַבילאַטי און שטרענגקייַט. צו פאָרשן די קאַוסאַליטי פון די געגנטן, מיר געוויינט סטאַטיסטיש ינפעראַנס (ד"ה מענדעלאַן ראַנדאַמאַזיישאַן) צו ידענטיפיצירן 8 טרייץ מיט סטאַטיסטיש באַטייטיק קאַוסאַליטי מיט די COVID-19 GWAS סיגנאַלז. איצט מיר ענדיקן אונדזער רעזולטאַטן אין אַ וויסנשאפטלעכע אַרטיקל. ווען מיר פאָרזעצן צו זעלנער דורך די COVID-19 גלאבאלע פּאַנדעמיק, די COVID-19 HGI יטעראַטיוולי פּראָדוצירן גענעטיק רעזולטאַטן. דורך ארבעטן צוזאַמען, מיר קענען דזשענערייט געזונט פיינדינגז פארלאנגט צו בעסער פֿאַרשטיין די בייאַלאַדזשיקאַל סיבות און קליניש פּרעזענטירונג פון COVID-19.

אַקנאַלידזשמאַנץ

דאנק איר צו Andrea Ganna , PhD פֿאַר פאַרטראַכט באַמערקונגען און באַמערקונגען.